合肥工业大学水利水电工程系办学历史悠久，前身为1952年水利部治淮委员会在安徽怀远成立的“淮河水利学校”水电工程建筑专业，1958年该校更名为“安徽水利电力学院”并开始四年制本科水电工程建筑专业招生，1969年因院校调整随该院并入我校，由合肥工业大学水利连队负责教学管理。1978年合肥工业大学成立水利系，设水利水电工程建筑和农田水利工程两个专业，1984年成立了水利科学研究所。1997年水利水电工程建筑更名为水利水电工程。1999年学校院系调整，成立土木建筑工程学院，下设水利水电工程系，承担水利水电工程本科专业教学。为了促进水利学科发展，2007年学院更名为土木与水利工程学院，下设水利水电工程系，承担水利学科建设工作,其中水利工程是学校的重点建设学科。

目前该学科拥有水利科学研究所、水工结构研究所、水资源工程技术中心、水资源与环境系统工程研究所共4个学科发展平台，具有水利工程一级学科硕士学位授权点和工程硕士学位授权点。水利工程一级学科硕士点下设四个二级学科授权点，即水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程和水利水电工程。水文学及水资源主要研究地球上水的形成、分布和运动规律，以及水旱灾害防治、水环境保护、水资源开发利用、水利工程运行与管理。水力学及河流动力主要研究水流运动、泥沙产生与移动、河道演变以及水流与水工建筑物、水力机械的相互作用。水工结构工程主要研究水利水电工程及其他水利工程领域内建设物与构筑物的规划、设计、施工与管理过程中的科学与技术问题，培养从事水工结构设计、管理、科研与教学的高层次人才。水利水电工程主要研究水利水电规划利用与管理﹑水利水电系统工程、水电站及水工结构、水利水电工程除险加固、生态水利等。

合肥工业大学水利工程一级学科紧紧围绕国民经济建设和社会发展所遇到的水资源、水灾害、水环境、生态水利、水能开发利用、水利枢纽相关工程建设等问题，紧密结合国家经济发展和学科发展方向，培养具有高素质、强能力、敢创新、勇突破的优秀硕士研究生，使其能在科研院所、高等学校、勘测设计、水利水电管理施工等部门胜任规划、设计、施工、科研和管理等方面工作。